lysozyme travail préliminaire
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1. ARG ASN LEU CYS ASN LEU SER CYS SER ILE PRO CYS SER LEU LEU GLN ASP ASN ILE ALA ASP LEU LEU SER SER ASP ILE THR ALA EE ALA VAL ALA CYS SER VAL ASN CYS LYS ARG VAL VAL ARG ASP PRO GLN LYS LYS ILE VAL SER ASP GLY ASN LE Ln s Va Lj ds A CI ii GLY ILE ARG ALA TRP VAL I A GLY MET ASN ALA TRP VAL ARG CYS GLN ARG ASN ARG CYS LYS LE s ASN ARG ASP VAL ARG GLN TYR VAL GLN GLY CYS GLY VAL GLY THR ASP VAL GLN ALA TRP ILE ARG GLY CYS ARG LEU lysozyme pa poule Composition moyenne de l oeuf par 100 Oeuf sans coquille Nutriments Jaune oeuf entier Emu es aa Caesa ar 39 S Gus 08 05 o7 Ceraso 0 i5 98 Cros 0 12 0 prot ines 25 de masse n point propri t s l extrait sec mol culaire iso lectrique Da SL 7 46000 ee se lie des m taux ovotransf rine inhibiteur de bact ries ovomucoide ovoglobulines 360 propri t s moussantes inhibe plusieurs prot ases prot ines d blanc d oeuf Groupe 4 le lysozyme caract ristiques physico chimiques niveau d organisation structurale et site actif La structure primaire du lysozyme de poule est donn e ci dessous GTGCYGSVSRIDTTGASCRTAKPEGLSYCGVRASRTIAERDLGSMNKYKVLIKRVGEALC IEPAVIAGIISRESHAGKILKNGWGDRGNGFGLMQ VDKRYHKIEG TWNGEAHIRQGTRIL IDMVKKIQRKFPRWTRDQQLKGGISAYNAGVGNVR SYERMDIGTLHDDYSNDVVARAQYF KQHGY Calcul de la masse mol culaire et du pHi th orique M il la s quence du lyso2. LYZ1 MOUSE QGUWGQS LYZL1 HUMAN Q29RT1 LYZL6 BOVIN P21270 LY BPSF6 P09425 VG25 BPT4 P00720 LYS BPT4 P34020 LYS CLOAB P82175 LYS ESTAC P50717 LYS HYPCU Q6L6Q5 LYS OSTED P08905 LYZ2 MOUSE Q9CPX3 LYZL1 MOUSE Q96QH8 LYZL5 HUMAN 075951 LYZL6 HUMAN P39046 MUR2 ENTHA P13559 VL YS BPPRD View entry in original ENZYME format View entry in raw text format no links All UniProtKB Swiss Prot entries referenced in this entry with possibility to download in different formats align etc All 5 Prot entries corresponding to 3 2 1 All ENZYME UniProtKB SWiss Prot entries corresponding to 3 2 All ENZYME UniProtKB Swiss Prot entries corresponding to 3 Une nouvelle page s ouvre noter le nombre de structures tridimensionnelles disponibles dans la banque de donn e Chercher dans la liste le lysozyme C de la poule lysozyme C de l esp ce gallus gallus chicken est appel lysozyme C Cpour Chicken Cliquer sur le lien correspondant Dans la nouvelle fen tre ouverte rechercher les informations suivantes nom de la prot ine synonyme paragraphe 3d structure database Dans ce paragraphe cliquer sur le lien 1JA7 1 Dans la nouvelle page ouverte une image montre la structure 3D Cliquer dessus Si l ordinateur ne permet pas l applet java qui devrait s ouvrir enregistrer le fichier de la mol cule sous le format pdb et l ouvrir dans DSVisualiser le raccourci du programm
3. dans la pr sentation Etude de la structure tridimensionnelle du lysozyme pHi th orique Comment expliquer la valeur de ce pHi Utiliser les donn es disponibles sur les r sultats du calcul Le lysozyme est il une grosse prot ine une petite prot ine Le lysozyme est il une prot ine neutre acide ou basique Etude de la structure tridimensionnelle du lysozyme Quels types de structures secondaires sont pr sents dans la structure du lysozyme de poule Le lysozyme est une prot ine fibreuse ou globulaire Le lysozyme poss de t il une structure quaternaire Quelles sont les types de structures secondaires pr sentes dans le lysozyme Quel est le nombre de chaque type de structure secondaire Quels acides amin s de la s quence du lysozyme interviennent dans la r action de lyse des liaisons entre les mol cules cycliques composant la paroi bact rienne Notion de site actif d une enzyme
4. E La r ponse s affiche Noter les nomenclatures liens en bleu On poursuit le travail sur la premi re justifier ce choix am ER Matches in ENZYME IL DE AN CA CA CA CC PR FE FF PO fF ID DE CA 3 2 1 17 Lysozyme Muramidase Hydrolysis of 1 gt 4 beta linkages between N ac H acetyl D glucosamine residues in a peptidogly D glucosamine residues in chitodextrins 1 C EC 3 2 1 14 PROSITE PDOCOO0119 PROSITE PDOCOOT37 dusdolon3 Dictyostelium lysozyme A ENZYME tylmuramic acid and an and between N acetyl Hydrolysis of 1 4 beta linkages between N acetylmuramic acid and H acetyl D glucosamine residues in a peptidoglycan Differs from EC 3 2 1 17 between N acetyl D glucosamine residues lysozyme as it does not hydrolyze linkages L ouverture du lien donne la fen tre ci dessous dans laquelle apparaissent les codes et liens de toutes les s quences connues correspondant la nomenclature de l enzyme recherch e gU REAS ENZYME entry EC 32 1 17 Lysozyme Muramidase Hydro ysk of 1 24 Deta linkages between N acet imuramk acid and N acet HD Lcosamine residues in a peptidog h Can and between N acet D g locosamine residues ih cnRooextrins Cf EC 3241 14 PROSITE BRENDA EC2PDB ExplorEnz PRIAM enzyme speci ic profiles KEGG Ligand Database for Enzyme Nomenclature UBMB Enzyme Nomenclature CECI MEDUNE MetaCyc Noter les observati
5. ETUDE DU MODE D ACTION DE LA LYSOPAINE travail pr liminaire Chaque groupe dispose de 20 minutes pour tudier les documents fournis 40 minutes pour pr parer un support qui pourra tre projet lors de la pr sentation du r sultat de ses recherches la classe La pr sentation sera d environ 5 minutes avec 5 10 minutes de questions Groupe 1 Recherche sur le m dicament Lysopaine Indication Posologie et mode d action Composition principe s actif s excipients Agents pathog nes responsables des sympt mes trait s par la lysopaine types d effets ind sirables d j observ s Expliquer Ressources notice lysopaine extraits du Vidal et Eur ka sant dictionnaire internet Groupe 2 Structure paroi bact rienne et coloration de Gram Structure de la paroi des bact ries points communs et diff rences entre gram et gram lien structure coloration de Gram Structure du peptidoglycane expliquer le nom de cette structure d gager les particularit s structurales du peptidoglycane par rapport aux structures de polyosides et polypeptides d j connues identification du site d attaque du peptidoglycane par le lysozyme Ressources document de premi re STL Biotech sur la coloration de gram structure du peptidoglycane internet Groupe 3 lysozyme structure synonymes et classification r partition dans le monde vivant comparaison des structure
6. LPS outer leaflet of outer membrane pore protein peptidoglycan inner membrane membrane proteins Tetrapeptide side chain Peptide cross bridge Carbohydrate backbone ri MurNAc CH OH CH p CH GIcNAc CH OH sites des lyses enzymatiques peptidoglycane O O Oo O H H O oS T NH OQ NH NH MurNAc OAc GIcNAc OAc qh 39 m 996 Lyso Acm2 Lyso Acm2 o hs 1 qio ji T CH CH T i CO CH CH d CH CH LytH gt Peptide yt ju L Ala po P NH D iso GIn E CL T NH 37 596 meso O CH GH NH CH3 H 100 NH r co ji D Ala m M 94 a i D Lac Do d OH du GROUPE 3 nombre de diff rences Score de similitude Lysozyme humain et lysozyme de poulet Le lysozyme humain est fait de 130 acides amin s alors que celui du poulet en a 129 LYS VAL PHE GLU ARG CYS GLU LEU ALA ARG THR LEU LYS LYS VAL PHE GLY ARG CYS GLU LEU ALA ALA ALA MET LYS ARG LEU GLY MET ASP GLY TYR ARG GLY ILE SER LEU ALA ARG HIS GLY LEU ASP ASN TYR ARG GLY TYR SER LEU GLY ASN TRP MET CYS LEU ALA LYS TRP GLU SER GLY TYR ASN ASN TRP VAL CYS ALA ALA LYS PHE GLU SER ASN PHE ASN THR ARG ALA THR ASN TYR ASN ALA GLY ASP ARG SER THR THR GLN ALA THR ASN ARG ASN THR ASP GLY SER THR ASP TYR GLY ILE PHE GLN ILE ASN SER ARG TYR TRP CYS ASP TYR GLY ILE LEU GLN ILE ASN SER ARG TRP TRP CYS ASN ASP GLY LYS THR PRO GLY ALA VAL ASN ALA CYS HIS ASN ASP GLY ARG THR PRO GLY SER
7. NE SANS SUCRE Mis jour Mardi 23 Octobre 2012 LEXIQUE ammonium quaternaire Famille d antiseptiques pr sents dans de nombreux m dicaments d usage local G n ralement bien support s ils peuvent cependant donner lieu de rares allergies antibiotique Substance capable de bloquer la multiplication de certaines bact ries ou de les tuer Le spectre d un antibiotique est l ensemble des bact ries sur lesquelles ce produit est habituellement actif Contrairement aux bact ries les virus ne sont pas sensibles aux antibiotiques Les premiers antibiotiques furent extraits de cultures de champignons penicillium p nicilline streptomyces streptomycine Ils sont actuellement fabriqu s par synth se chimique Les antibiotiques sont divis s en familles p nicillines c phalosporines macrolides t tracyclines cyclines sulfamides aminosides lincosanides ph nicol s polymyxines quinolones imidazol s etc Un usage inappropri des antibiotiques peut favoriser l apparition de r sistances n utilisez un antibiotique que sur prescription m dicale respectez sa posologie et sa dur e ne donnez pas et ne conseillez pas une autre personne un antibiotique que l on vous a prescrit antiseptique Substance qui d truit localement les bact ries r duisant leur nombre et emp chant leur prolif ration Certains antiseptiques sont galement actifs sur les champignons microscopiques et les virus aphte L sion tr s d
8. e pr sent sur le bureau E prot ines js de masse glucides point propri t s l extrait sec i nd To iso lectrique ovalbumine TERT L3 e agent g lifiant conalbumine 82000 gt se lie des m taux ovotransf rine inhibiteur de bact ries 2800 23 40 inhibelatrypsine LU ines 36000 5 6 s a 45000 moussantes 14300 0 10 5 lyse des bact ries BE facteur de viscosit OV vote hib fcn 45000 54 inhibe plusieurs prot ases flavoprot ine 08 34000 14 40 fixe la vitamine B2 Le fichier ouvert est une r solution de cristallographie aux rayons X du lysozyme de poule li un substrat ligand Explorer les capacit s du logiciel et ou du site Expasy pour tudier le site actif de l enzyme Une application s ouvre la structure tridimensionnelle du lysozyme de poule est alors visible et manipulable choix de repr sentation par un clic droit dans la fen tre de repr sentation Quels types de structures secondaires sont elles pr sentes dans la structure tertiaire de lysozyme et quel est leur nombre R action catalys e en lien ci dessous http www angelo edu faculty nflynn Biochemistry Lysozyme Catalytic Mechanism htm rechercher les Acides amin s participant au site actif de l enzyme aide la pr sentation la classe le plan est libre les questions ci dessous ne sont que des indications sur le contenu des informations inclure
9. ne permet g n ralement pas d obtenir la gu rison lui seul LYSOPAINE SANS SUCRE cp sucer dulcor J Fiche descriptive abr g e du m dicament LYSOPAINE SANS SUCRE cp sucer dulcor Forme comprim sucer par 1 cp sucer c tylpyridinium chlorure 1 5 mg lysozyme chlorhydrate 20 mg Excipients saccharine magn sium st arate menthe ar me menthe poivr e essence gomme arabique sorbitol Classement pharmaco th rapeutique VIDAL Antibact rien associ AMM 3903501 LYSOPAINE SANS SUCRE cp sucer dulcor 11 18 Non rembours AMM 3903576 LYSOPAINE SANS SUCRE cp sucer dulcor 21 18 Non rembours Laboratoire Boehringer Ingelheim France PAROI BACTERIENNE Lipopolysaccharide Phosphalipide Prot ine Gram Membrane externe Peptidoglycane Membrane plasmique Lipoproteine Peptidoglycane Membrane plasmique Fhospholipide Preteine N acetylglucosamine NAG mn N acetyimuramic acid NAM Side chain amino acid O Cross bridge amino acid a Structure of peptidoglycan in gram positive bacteria Copyright 2004 Pearson Education ine publishing as Benjamin Cummings Hoog en nr p HR HM SCH 3 D alanine ponts peptidiques du peptidoglycane m mes diairemopimebe acid GROUPE 2 teichoic acid peptidoglycan layer cell wall outer membrane periplasmic space lipopolysaccharide
10. ons sur la feuille de r sultat Rg A En bas de page se trouvent des liens pour acc der aux structures tridimensionnelles connues PDOCOO0119 PDOC00737 32 1 17 32 1 17 321 17 32 1 17 32 1 17 32 1 17 32 1 17 Find IRerature relating 10 32 1 17 32 1 17 Q9SCIT4 ACMA LACLA QSS6R7 CFS0 DICD P23472 CHLY HEVBR P00718 LYG_ANSAN P00717 LYG CYGAT Q309 LYG EPICO P61133 LYG_TAKRU Q7YT16 LYS1_MUSDO 27650 LYS4_ENTH Q08694 LYSS_DROME Q06285 LYSC1 BOVIN P11376 LYSC1 HORSE P17607 LYSC1 SHEEP QSTUN1 LYSC3 SHEEP DOTE LY SC T RONIDA Alternative Name z POCZTS ACMA LACLC P13656 CHIA ECOL P23473 CHLY_PARTH Q7LZRS LYG_CASCA Q8JFR1 LYG CYPCA Q90VZ3 LYG PAROL P83673 LYS1 CRAV Q1XG90 LYS2 CRAV P83971 LYSA DROME P00705 LYSC1 ANAPL P81708 LYSC1 CANFA P12067 LYSC1 PIG P37156 LYSC1 TACAC P37714 LYSC2 CAPHI P12068 LYSC2 PG Q06284 LYSC3 BOVIN P80190 LYSCK SHEEP nm2n00 1vsrc ANSO A2RHZS ACMA LACLM P81241 CHLY_CARFA P10773 LYB BAC U P27042 LYG CHICK P85152 LYS1 LYSSX B3AD03 LYS3 CRAV QST1G6 LYSB DICDI Q17005 LYSC1 ANOGA P37713 LYSC1_CAPH P00597 LYSC1 RAT Q06283 LYSC2 BOVIN P81710 LYSC2 P12069 LYS P80189 LYSCN BOVIN D7TO0657 IYSO AIIN Cliquer sur le premier lien en premi re ligne AllUnitProtKB Swiss Prot entries referenced in this entry P0 540 LYS BPPZA P8535045 LYS BUFGA Q6L6Q6 LYS CRAGI P05105 LYS HYACE P66383 LYS MERLU P1 897
11. ouloureuse de la bouche ayant l aspect d une tache jaun tre ou grise l g rement creus e La gu rison est g n ralement spontan e apr s quelques jours Le stress la fatigue et certains aliments noix noisettes gruy re agrumes peuvent provoquer une pouss e d aphtes Dans de tr s rares cas les aphtes peuvent tre dus une maladie ou un traitement m dicamenteux collutoire M dicament qui agit par contact sur l arri re gorge et les parois internes de la bouche Il est administr par pulv risation ou en badigeon enzyme Substance capable d activer une r action chimique sp cifique gargarisme Mode de traitement local qui vise laisser au contact de l arri re gorge un m dicament pur ou dilu dans de l eau froide ou ti de Il se pratique la t te pench e en arri re une expiration continue emp chant le liquide de descendre dans les poumons La solution utilis e ne doit pas tre aval e pharyngite Inflammation ou infection du pharynx r action allergique R action due l hypersensibilit de l organisme un m dicament Les r actions allergiques peuvent prendre des aspects tr s vari s urticaire ced me de Quincke ecz ma ruption de boutons rappelant la rougeole etc Le choc anaphylactique est une r action allergique g n ralis e qui provoque un malaise par chute brutale de la tension art rielle traitement d appoint Traitement qui compl te l action d un traitement sp cifique mais
12. s primaires du lysozyme de poulet et du lysozyme humain tablir le pourcentage de similitude entre les deux enzymes lysozyme de poule importance dans la composition du blanc d uf et propri t s physico chimiques sp cifiques par rapport aux autres prot ines du blanc d oeuf Ressources structures primaires du lysozyme humain et PC avec logiciel de visualisation et tude de mol cules fichiers lysozyme internet Synth se lysopaine lysozyme relation structure fonction GROUPE 1 LYSOPAI INE SANS SUCRE Mis jour Mardi 23 Octobre 2012 Donn es eur ka sant Pr paration pour la gorge vis e antiseptique Dans quel cas le m dicament LYSOPA NE SANS SUCRE est il prescrit Ce m dicament d usage local contient un antiseptique de la famille des ammoniums quaternaires et une enzyme Il est utilis dans le traitement d appoint des affections de la gorge et de la bouche maux de gorge peu intenses et sans fi vre aphtes Pr sentations du m dicament LYSOPA NE SANS SUCRE LYSOPA NE SANS SUCRE comprim sucer blanc ar me menthe bo te de 18 Non rembourse Prix libre LYSOPA NE SANS SUCRE comprim sucer blanc ar me menthe bo te de 2 tubes de 18 Non rembourse Prix libre Composition du m dicament LYSOPA NE SANS SUCRE P CP C tylpyridinium chlorure 1 5 mg Lysozyme chlorhydrate 20 mg Sorbitol Substances actives C tylpyridinium chlorure Ly
13. sozyme chlorhydrate Excipients Gomme arabique Magn sium st arate Menthe ar me Menthe poivr e essence Saccharine Sorbitol Contre indications du m dicament LYSOPA NE SANS SUCRE Ce m dicament ne doit pas tre utilis chez l enfant de moins de 6 ans Attention En l absence d am lioration au bout de 5 jours de douleur en avalant ou en cas d apparition de fi vre consultez votre m decin Il pourra faire la diff rence entre une pharyngite et une angine En cas d angine bact rienne un traitement antibiotique est n cessaire afin d viter des complications ult rieures cardiaques ou r nales L usage prolong des traitements antiseptiques locaux gargarisme collutoire pastille n est pas souhaitable il peut modifier l quilibre microbien naturel de la gorge Fertilit grossesse et allaitement L effet de ce m dicament pendant la grossesse ou l allaitement est mal connu L valuation du risque ventuel li son utilisation est individuelle demandez conseil votre pharmacien ou votre m decin Mode d emploi et posologie du m dicament LYSOPAINE SANS SUCRE Laisser fondre les comprim s dans la bouche Posologie usuelle Adulte et enfant de plus de 6 ans 3 6 comprim s par jour r guli rement r partis dans la Journ e en espa ant les prises d au moins 2 heures Effets ind sirables possibles du m dicament LYSOPA NE SANS SUCRE R action allergique Lexique de LYSOPAI
14. zyme puis se rendre adresse suivante Coller la S HEURE dans la fen fre du formulaire Lancer le calcul de la masse mol culaire et du pHi Noter les r sultats tude de la structure tridimensionnelle du lysozyme On peut visualiser la structure tridimensionnelle du lysozyme partir de banques de donn es disponibles en ligne telle celle de Bioinformatics Ressource Portal ExPaSy http www expasy ch Sur la page d accueil on trouve un formulaire de recherche Op rationl dans le menu all query database ouvrir le menu d roulant et s lectionner ENZYME Op ration 2 dans le champ suivant crire lysozyme Op ration 3 cliquer sur le bouton search expasy org 2 X ixquick HTTPS Francais P Le Les plus visit s t D buter avec Firefox La t te au carr Saveto Mendeley EA 7 m eme Darte resource r orta o Home Ab ENZYME lysozyme x search help ExPASy is the SIB Bioinformatics Resource Portal which provides access to scientific databases and software tools ie Popular resources resources in different areas of life sciences including proteomics genomics phylogeny systems biology population genetics s transcriptomics etc see Categories in the left menu On this portal you find resources from many different SIB groups as well UniProtKB proteomics as external institutions d SWISS MODEL genomics 3p STRING structural bioinformatics Featuring today x PROSIT
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