Étude et modélisation des tourbillons océaniques avec le logiciel
Contents
1. la technique de centre de courbure Leeuw and Post 1995 et la technique d enroulement de l angle Sadarjoen and Post 2000 Cependant cette seconde technique montre de meilleurs r sultats que la premi re Les m thodes bas es sur les caract ristiques physiques identifient les tourbillons en utilisant des valeurs d un param tre sp cifique qui d passe un seuil choisi Par exemple les tudes men es par McWilliams 1990 repr sentant l un des premiers travaux dans la d tection automatique de structure tourbillonnaire sont bas es sur la notion que la rotation est le param tre dominant d un vortex La vorticit relative amp fut le param tre physique utilis pour la d tection Dans la cat gorie des algorithmes bas s sur des crit res physiques l un des plus largement utilis est bas sur le param tre d Okubo Weiss W Ce param tre est calcul partir du champ horizontal de v locit comme suit 2 2 2 W S shts t amp o Ssh et Ss repr sentent les d formations de pression et de cisaillement en anglais strain et shear et amp la composante verticale de vorticit Une autre m thode est celle propos e par Doglioli et al 2007 se basant sur les travaux de Siegel et Weiss 1997 et c est cette derni re que nous nous int resserons dans ce compte rendu Comme dans la m thode propos e par McWilliams 1990 le param tre physique utilis pour la d tection de tourbillon est La vortic2. 2 5 3 3 3 contour plot delta 2 7 55 dim of area of research grid meshes jmin 30 65 grid coordinates of bottom left corner of analysis area imin 1 SSS o centerselec vort center definition max abs vorticity or min speed vort spee ad_crit 30 min surface of an eddy grid meshes cutoff 0 var cutoff coef plot varname2 vort contour plot variable vorp vori vort salt temp zeta coef2 1 interval2 cross n sect 1 numbering freqnumbering 3 2 lonrangel 290 66 Va 35 3 0 02 36 3 contouring y r2 rescaling contour levels LI 6 6 6 533 our around eddy a cross as referenc tical section extention the eddy number in eddy meshes 229 units of var2 y n of vertical sections 6 lat amp lon degree k y n 6 6 6 5 lt LS 6 y n n O LS DT oe latrangel lonrange2 latrange2 2 o 6 8 8 output file names moviename animation sectionsname sections DON T TOUCH BE jmax jmintdelta 1 imax imintdelta 1 nc netcdf gridfile topo nc h topo topo pm nc pm pn nc pn angle nc angle close nc o anomalycalc 0 periodicity 0 filter vort 1 fierl si for Ariane Imt 99999 timedir BW navgdays 2 skipanim 1 rempts 0 0 0 0 Sarian
3. 9E 12E 15 E 18 E ad crit 30 cutoff 0 ntot 35 centerselec vort ad crit 30 cutoff 0 ntot 38 centerselec vort Figure 1 carte de vorticit contour du tourbillon en noir au d but a gauche et apr s 10 it rations a droite La ligne noire a droite repr sente le d placement de la structure anticyclone YS3MSiti depthiner 200 anticyclone Y3MSit1 depthincr 200 Figure 2 premi re et derni re figure en 3D du tourbillon suivi De la m me fa on il existe un fichier nomm parameters3d m incluant tous les param tres de bases pour le lancement du programme comme la date d enregistrement des donn es l aire de recherche le nombre d it rations faire etc Nous avons modifi tous ces param tres car les donn es n taient plus les m mes Afin de rendre le programme plus interactif nous avons aussi ajout un outil de dialogue qui demande l utilisateur a chaque it ration s il souhaite continuer le suivi du tourbillon ou l arr ter En effet si celui ci ne pense pas changer les param tres et donc le nombre d it rations il lui suffit de cliquer sur Non vort coef 1 00e 00 choice questdlg Do you want to continue the tracking Alert Yes No No Handle response if strcmp choice No 1 break Figure 3 commandes affichant la boite de dialogue cit e plus haut Une fois ces tapes r gl es le travail a consist a tester cette d mo et liminer les petites erreurs qui
4. avant et apr s cet instant t jusqu ce que le crit re 1 ne soit plus v rifi Le suivi vertical Vertical Tracking L analyse pr c dente est r p t e plusieurs profondeurs afin de diagnostiquer l extension verticale d un tourbillon identifi en 1 lieu 200m L analyse commence cette profondeur pour viter que le mod le soit affect par les interactions dynamiques qu il peut exister entre l atmosph re et la mer Une structure identifi e au niveau z appartient un tourbillon identifi auparavant au niveau z Az condition que le crit re suivant soit v rifi 2 Cz z 12 o c ic jc repr sente le centre de la structure identifi e au niveau z et amp w l ensemble des points de la grille du tourbillon s lectionn au niveau z Az L intervalle entre deux tranches horizontales est Az 100m Le suivi vertical s arr te lorsque le signal de la vorticit relative du tourbillon devient trop faible iz Si ce signal ne faiblit pas dans le but d viter une extension verticale excessive du tourbillon analys la profondeur maximale est fix e Zmax 1000m D une mani re g n rale a un pas de temps fix l aire A et le diam tre D sont tous les deux calcul s chaque niveau k et le volume V du tourbillon peut tre calcul de la mani re suivante 3 V DEL Ak Az La connaissance de la vitesse instantan e v du diam tre D et du volume V de chaque stru
5. o ou 6 days print SCrsz get 0 ScreenSize ry freqnumbering meshes n range of first figure n range of other figures O O e initial positions in vertical tracking frequency figur e 1 set 1 Visible on Position scrsz 3 3 scrsz 4 scrsz 3 1 iQ scrsz 4 yi 5 figu re 1 hold on m proj mercator sm g rid color lon 0 0 0 lonrangel lat latrangel all Agul0 m grid box coastl sm_gshhs_c patch sm_gshhs_h patch sad_add_towns fancy ine D 0 D a town dat save parameters3d mat 51 51 min min lon 19 min min lat max max lat R f rences Doglioli A M Blanke B Speich S and Lapeyre G 2007 Tracking coherent structures in a regional ocean model with wavelet analysis application to Cape Basin Eddies J Geophys Res 112 C05043 doi 10 1029 2006JC003952 Guilherme P Castel o Luiz C Irber Jr A B M V B 2013 An objective reference system for studying rings in the ocean Computers amp Geosciences 61 0 43 49 Leeuw W C and Post F H A statistical view on vectors fields Visualization in scientific Computing Springer Verlag 1995 McWilliams J C 1990 The vortices of two dimensional turbulence J Fluid Mech 219 361 385 Nencioli F Dong C D T W L M J C 2010 A vecto
6. persistaient Par exemple lorsque le tourbillon suivre n avait pas une vorticit suffisamment importante il fallait indiquer au programme de ne plus ouvrir la boite de dialogue ainsi que d afficher tout de m me la derni re figure 3D Il suffisait alors de trouver les bonnes boucles dans les scripts Installation du package Ce programme a t con u pour MATLAB et n cessite au moins 32Mbites d espace disque Il a t test sur des versions de MATLAB allant de R2006a a R2011b mais il peut tre op rationnel sur des versions ant rieures et plus r centes Il fonctionne sous Linux Windows et Mac Pour viter des probl mes de fonctionnement les package m_ map ROMSTOOLS et Wavelab850 n cessaires ont t inclus dans WATERStools_0 0 afin que chaque utilisateur ne soit pas oblig de le t l charger sur internet si il ne le poss de pas d j Ainsi l utilisation est simplifi e et directe Pour installer le paquet il suffit de le t l charger librement partir du site internet du projet WATERS Un dossier compress est t l charg La d compression fait appara tre le dossier WATERStools_0 0 qui contient tous les programmes donn es et figures du package Pour l utiliser il faut ouvrir une session MATLAB et se placer dans le r pertoire contenant le dossier WATERStools_0 0 Current folder _ WATERStools_0 0 Le logiciel est fin pr t tre utilis Un Usersguide pdf Guide d utilisation est mis dispositi
7. source d information cela permet entre autre de trouver la meilleure localisation pour le paquet d ondes Ensuite le mod le de vorticit relative est tendu dans cette base Les ondelettes peuvent donc tre tri es comme des fonctions selon leur facteur d ondes Rappelons que seules les ondelettes ayant le plus gros facteur sont gard es en m moire Enfin les structures sont extraites les unes apr s les autres en cherchant dans un premier temps le maximum du module de vorticit et dans un second temps en diffusant la structure dans chaque direction de l espace jusqu trouver un minimum de vorticit e Le suivi du temps Time tracking le suivi des structures identifi es dans le temps requiert que le crit re suivant soit satisfait 1 Ct z 200 amp t at z 200 OU Ctz 200 ic jC t 200 repr sente le centre du tourbillon au temps t et la profondeur 200m et tat l ensemble des points de la grille du m me tourbillon a l intervalle de temps pr c dent La vitesse de translation du tourbillon est calcul e comme tant la distance couverte par le centre du tourbillon dans At deux jours d intervalles A chaque intervalle de temps de l analyse la vitesse de translation instantan e v et le diam tre D du tourbillon sont enregistr es Le crit re 1 peut facilement tre adapt pour le suivi dans le temps inverse c est dire qu un tourbillon identifi un instant t peut tre suivi en m me temps
8. Logiciels utilis s La partie r alis e sur MATLAB a t effectu e en salle informatique de Luminy sur un ordinateur travaillant sous Linux Le package a donc t cr sous Linux et retravaill dans un second temps sous Windows 8 sur un ordinateur personnel Asus Bien que le package WATERStools_0 0 puisse tre test sous toutes les plateformes cit es plus haut le logiciel MATLAB reste indispensable pour faire tourner le programme Les versions test es de MATLAB vont de R2006a R2011b MATLAB est un langage de programmation de quatri me g n ration et un environnement de d veloppement il est utilis des fins de calcul num rique et permet de manipuler des matrices d afficher des courbes et des donn es de mettre en uvre des algorithmes de cr er des interfaces utilisateurs et peut s interfacer avec d autres langages comme le C C Java et Fortran Les commandes r gissant le programme WATERS sont regroup es dans un fichier texte prenant la forme d un script Une des fonctionnalit s principales de MATLAB utilis e fut l option toolbox qui permet comme son nom l indique la cr ation de bo te outils WATERStools_0 0 en fait donc aujourd hui partie et inclus en plus diff rents packages n cessaires au fonctionnement du logiciel comme ROMSTOOLS_v3 1_02_2014 M PACK ou la librairie Wavelab850 En plus de ces packages l utilisation de l outil m_map a permis entre autre de r aliser des cartes r alistes et d autr
9. UNIVERSIT D AIX MARSEILLE MEDITERRANEAN INSTITUTE OF OCEANOGRAPHY MIO UNIVERSITE DU SUD TOULON VAR CNRS INSU IRD UM 110 FRANCE Etude et mod lisation des tourbillons oc aniques avec le logiciel WATERS Tuteur de stage Mr Andrea M DOGLIOLI Jeanne CASTILLE 19 06 2014 Mediterranean Institute of Oceanography i oy tf AixMarseille universit Table des mati res Introduction ER ne een tee Rens lan 4 Obj ctirs GU SABRE MN 5 Mat riel et m thode 5 Logiciels US usa dant aan nn 5 Fonctionnement de WATERS sers 6 BES TONNES AN A RS tire 8 R SUITATS Re ne ee cu On 8 Mise jour du package dns 8 Mise jour de la d mpssssrssansnss anses enr 9 Installation du paquets Aan hee eens 11 Faire tourner la d mo tracking3d_ini m oo ceeceeccceeeeeeeeeeseeees 11 DISCUSSION LE MN NRA M Dans Dai ne out Se 13 COMCIUSION ci TRAD ES RE aE 13 ARTE N S RD E D 2e 14 Fichier ReadMe ei e 14 Fichier parameters 3c IAN sia in bebe 16 R sum Depuis 40 ans les tourbillons oc aniques ont t le sujet de nombreuses tudes exp rimentales et th oriques Ils peuvent avoir une profonde influence sur la productivit biologique l cologie et la biog ochimie oc anique et donc sur les cycles et flux l mentaires r gissant l oc an Plusieurs m thodes ont t propos es pour l identification et le suivi de ces structures au sein de la circulation oc anique celles se basant sur les propr
10. ckage de MATLAB utilis pour l analyse d harmoniques en s rie De nombreuses fonctions appellent des donn es de NetCDF Il a t inclus pour une visualisation en 3D des tourbillons identifi s par l analyse en ondelettes site internet http www odyle net mma archive m pack ROMSTOOLS est une s rie d outils utilisant un syst me de mod lisation d une r gion oc anique ROMS issue de http romasgrif org De plus ce r pertoire contient le package m_map qui correspond un ensemble d outils servant la cartographie http www eos ubc ca rich map html Wavelab850 est une collection de fonctions MATLAB utilis es pour cr er une vari t d algorithmes li e l analyse en ondelettes site internet http statweb stanford edu wavelab Documentation contient le guide d utilisation du logiciel WATERS r dig pendant ce stage ainsi que son fichier source LaTeX Figures r pertoires par d faut des graphiques fichiers m fichiers scripts Mise a jour de la d mo Le principe de la d mo de ce logiciel est de simuler le suivi d un tourbillon oc anique et d enregistrer a chaque tape une figure le mod lisant La premi re id e a t d ordonner l affichage chaque tape de la figure en 3D de la structure analys e Ci apr s les figures apparaissant Agui0 Y 3 M 8 h 1 vlevel 200 AgulO Y 3 M 8 It 10 vlevel 200 vort coef 1 00e 00 er er a 9E 12 E 15 E 18E
11. cture permet de calculer le transport instantan et le moment instantan Les donn es Pour ce logiciel les donn es d entr e sont les champs de vitesse 3D produits par exemple par un mod le de circulation oc anique Nous avons utilis des donn es de simulations obtenues partir de l outil Roms_agrif Ces donn es correspondent la configuration Benguela du Sud haute r solution R sultats Dans cette partie est relat e toutes les tapes qui ont servi l laboration du package WATERStools_0 0 ainsi que de sa mise disposition pour tous les utilisateurs De plus afin que chaque utilisateur puisse se servir du package facilement deux documents ont t r alis s lors du stage l un nomm readme txt expliquant les conditions g n rales d utilisation cf Annexes l autre Userguide pdf expliquant en d tail la marche suivre pour faire fonctionner le logiciel Ce dernier fait partie des fichiers en t l chargement sur Internet a l adresse http www com univ mrs fr doglioli Mise a jour du package La premi re tape de la mise a jour fut la prise en main et la compr hension de tous les scripts Ce travail fut le plus fastidieux car il a fallu lire des centaines de lignes de codes tant crites par plusieurs personnes La premi re mise a jour fut le changement des sorties graphiques En effet ces scripts ayant t r dig s il y a plusieurs ann es sur une version plus ancienne de MATLAB les command
12. e du logiciel MATLAB ainsi que du logiciel LaTeX Il aura aussi fallu beaucoup r fl chir et se d brouiller par soi m me pour trouver des solutions des probl mes informatiques En effet l application d un probl me physique sur un outil informatique n est pas toujours simple car parfois m me si le calcul est th oriquement correct le logiciel ne l applique pas comme l utilisateur l aurait voulu Le projet de d velopper une telle bo te outils n avait jamais t r alis auparavant il a donc fallu avancer parfois t tons en essayant beaucoup de choses parfois sans succ s mais c est aussi ce qui fait avancer les choses II faut aussi tre tr s pointilleux dans le travail pour ne laisser aucune erreur se glisser un code d j tr s long Annexes Fichier Readme txt CASA OOSOSOOS O O O O O OO OO O O O O OO O OO OO O O O O O O O O O OO O O O O O O O O O O O O O O O OO O O0 SSS WATERStools 55 29999 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 B 9 B B B B B B B D 000000000000 OO O OO OO O OO OO O OO OO OO O O O O O O OO O O O O O O O O 0000000000 O0 This file is free software it is distributed in the hope that it will be useful but without any warranty You can redistribute it and or modif
13. es and to follow their evolution and displacement The WATERStools_0 0 package designed for the tracking and modeling of oceanic eddies in MATLAB has been created in 2007 Since this version become obsolete for new OS some modifications has been introduced to make it more user friendly Besides new features have been added for a more understandable and intuitive interface Each update step is described in this report Introduction Les tourbillons sont omnipr sents dans le monde oc anique et jouent un r le majeur dans la dynamique des oc ans comme dans les transports de chaleur et de masse Ce sont des vortex marins parfois tendus sur des centaines de kilom tres et pouvant durer pendant des mois Plusieurs m thodes de suivi de ces structures ont t propos es au fil des ans certaines se basant sur les crit res g om triques et d autres sur les caract ristiques physiques des tourbillons L utilisation des crit res g om triques est moins fr quente que celle des param tres physiques une tude r cente a r ussi identifier plusieurs vortex Penven et al 2005 Moolani et al 2006 Chaigneau et al 2007 Henson and Thomas 2008 Cette m thode suppose que les tourbillons oc aniques sont assimilables un mod le de flux quasi circulaire La pente des lignes de courants instantan es peuvent donc tre utilis es pour l identification de structures Deux techniques principales peuvent tre appliqu es cette m thode
14. es devaient tre modifi es ainsi que les chemins d appels des diff rents fichiers servant ex cuter les figures Chaque modification pouvait entra ner un disfonctionnement du logiciel il a donc fallu avancer par t tonnement recompiler le logiciel et v rifier qu il tournait toujours normalement De la m me fa on la dimension de l aire de recherche devait tre adapt e afin de fournir une mod lisation plus claire Ce travail fut long et rigoureux car chaque script en appelant un autre il fallait donc comprendre lesquels taient appel s et lesquels ne l taient pas Une autre modification importante fut l ajout de certains package disponibles sur Internet mais non inclus dans le pr c dent package En effet afin de faire tourner le logiciel certaines fonctions et librairies devaient tre t l charg es s par ment Nous avons donc ajout dans l arborescence les packages M_ PACK ROMSTOOLS_3 1_02_2014 et Wavelab850 En t l chargeant le paquet WATERStools_0 0 on obtient l arborescence suivante WATERS data_ example WATERStools 0 0 Wavelab850 l M_ PACK l ROMSTOOLS v3 1 03 02 2014 Documentation Userguide Figures fichiers m Explications WATERS_data_example inclus des sorties de fichiers obtenues a partir d une simulation ROMS _Agrif site internet http www romsagrif org l utilisation de cette installation correspond a la configuration Benguala du Sud a haute r solution M_PACK est un pa
15. es types de graphiques La partie r alis e sur LaTeX a t effectu e alternativement en salle informatique et sur un ordinateur personnel Ce logiciel est un langage et un syst me de composition de document Du fait de sa relative simplicit il est tr s utilis pour la r daction de documents scientifiques tel que le Userguide du logiciel WATERS Le logiciel LaTeX poss de son propre syst me d encodage Une autre fonctionnalit int ressante de LaTeX est l appel d un outil de gestion de r f rences bibliographiques servant g rer et traiter des bases bibliographiques BibTeX Les r f rences sont contenues dans un fichier d extension bib et sont diff rentes selon les entr es Ici les entr es taient g n ralement de type article L outil BibTeX permet donc un r f ren age automatique et limite ainsi les erreurs dues une r alisation la main Fonctionnement de WATERS Le fonctionnement du logiciel est tripartite e L analyse par ondelettes Wavelets analysis elle est utilis e afin de d composer des cartes horizontales successives de la vorticit relative et d en extraire des structures d finies et localis es dans l espace L algorithme utilis fonctionne de la fa on suivante la meilleure base est choisie afin de minimiser le co t de la fonction ici l entropie de Shannon c est une fonction math matique qui intuitivement correspond la quantit d information contenue ou d livr e par une
16. i t s physiques du flux et les autres bas es sur les crit res g om triques Les chercheurs du MIO ont donc d velopp un programme bas sur des crit res physiques permettant l utilisateur d identifier des structures tourbillonnaires en trois dimensions ainsi que de suivre leur volution et leur d placement Le package WATERStools_0 0 cr pour MATLAB matrix laboratory et qui regroupe tous les fichiers n cessaires au suivi et la mod lisation des tourbillons oc aniques fut con u en 2007 Cette version tant maintenant devenue obsol te pour les nouveaux syst mes d exploitation plusieurs modifications ont t apport es afin de la rendre utilisable par tous De plus de nouvelles fonctionnalit s ont aussi t ajout es pour une interface plus compr hensible et intuitive Toutes les tapes de la mise jour sont d crites dans ce compte rendu Abstract Oceanic eddies have been the subject of many experimental and theoretical studies in the last 40 years They can have a strong influence on biological productivity upper ocean ecology and biogeochemistry and thus in element cycles and fluxes Several methods have been proposed for the identification and tracking of these structures in the ocean circulation ones based on physical properties of the flow and others based in geometric criteria MIO researchers have developed a program based on physical criteria which allows users to identify three dimensional eddy structur
17. ished by the Free Software Foundation at 3 http www gnu org copyleft gpl html 3 clear close all o source files simu Agu10 conventional name gridfile filer etudiants g3 c1005469 STAGE Rince datafile filer etudiants g3 c1005469 STAGE R z1 3 WATERS data example roms grd VH La 3 WATERS data example roms avg VH ol oe time parameters ycledir fwd rO 0 min 3 in 8 Dmin 30 itmin 1 Ymax 3 Mmax 8 Dmax 30 itmax 10 vlevel 200 2 3D parameters Zmin 1001 65 deepest vertical level m DA TOGLIERE depthincr 200 distance between two successive horizontal slices m 2 6 ol oe o temporal direction of analisys gt bkw or fwd number of first frame fr 1 first year first month only for GASC_POP25 output file first interval last year last month only for GASC_POP25 output file last interval shallowest vertical level m mane AP oO oO AIP aO oO AP o o AAP o oP AP AP AP AP AP oP o o o o o o o oe ole ol ol ol analysis setup extraction old kind of wavelet exraction new old WARNING new is accurate but time consuming factor 0 25 65 of number of spectral coefs varname vort 65 wavelets analysis variable gt vorp vori vort BEST salt temp zeta NB vori only forward coef 10 5 66 var rescaling interval 2 5 0 5
18. it relative amp est d compos e par analyse en ondelettes en deux dimensions et tendue dans la base qui minimise le co t de la fonction entropie de Shannon Ensuite seules les ondelettes ayant le plus grand facteur sont utilis es pour reconstruire un champ liss pour lequel les tourbillons sont identifi s comme tant des r gions connect es o 0 et o le centre de chaque tourbillon est d fini comme un point du maximum local de Parfois des filaments de petite chelle sont d tect s et analys s en tant que vortex Afin de minimiser cette erreur ces filaments sont automatiquement exclus de l analyse en imposant une contrainte sur la largeur minimale des structures coh rentes d tect es Objectifs du stage Le but du stage tait de tester la version du code WATERS qui n tait ni fonctionnelle ni aboutie en plus de comprendre les principes la base de la mod lisation et du tra age des tourbillons oc aniques Apr s avoir effectu ce travail il tait n cessaire de d velopper un programme de d monstration et crire un mode d emploi en anglais Userguide afin que n importe quel internaute puisse utiliser le logiciel simplement Mat riel et m thode Comme il s agit d un logiciel informatique d velopp pour MATLAB tout le travail r alis durant le stage a t effectu sur ordinateur Dans un premier temps en travaillant sur le logiciel MATLAB et dans un second temps sur le logiciel LaTex
19. on dans le package si l utilisateur rencontre un quelconque probl me De plus MATLAB contient une grande section d aide appel Help pouvant aider chaque utilisateur Faire tourner la d mo tracking3d_ini m Le projet WATERS a t adapt pour lancer une d mo Il suffit de lancer le fichier tracking3d_ini pour la d marrer Avant de lancer la d mo il est n cessaire d ajouter de nouveaux chemins partir de MATLAB L utilisateur doit choisir dans le navigateur de MATLAB new path add with subfolders et s lectionner dans l arborescence 1 ROMSTOOLS_v3 1_ 03 02 2014 2 Wavelab850 3 dans le dossier M_PACK s lectionner mfiles et ajouter les sous r pertoires roms et toolsnc Edit View Debug Desktop Window Help New n MATLAB search path Select a Directo Open Ctr O Add Folder ry Close Current Directory CtrtW Agg with Subroiders Rechercher dans WATERStools_0 0 E A cee AE Import Data ja Documentation Save Workspace As Ctr s M_PACK ROMSTOOLS_v3 1_03_02_2014 Ca wavelab850 Set Path 1 filer e Userguide tex 2 filer SE Matlab bbb m Nom de fichier 3 fusr raph isosurface m Fichiers du type Tous les fichiers filer etudiants g3 c1005469 STAGE L3 WATERStools_0 0 4 jfiler vate mu_coast m OK Annuler Exit MATLAB Ctri Q AS dd Figure 4 cran de navigation de MATLAB avec les nouveaux chemin
20. outer enlever ou modifier un morceau de script afin qu il colle le plus possible l utilisation que la personne veut en faire En effet la d mo a t faite avec une carte pr d finie Cependant si l utilisateur souhaite tester cette d mo avec une carte diff rente et qu il poss de les informations n cessaires la r alisation de cette carte il peut le faire Si une autre personne change un calcul car il ne le trouve pas assez pr cis il peut ensuite partager le logiciel contenant des modifications sur internet Ce logiciel est donc un logiciel libre et c est aussi ce qui fait son utilit aupr s de chercheur du monde entier Le deuxi me atout de ce logiciel est qu il a t r alis le plus simplement possible avec un guide d utilisation en anglais inclus Ainsi m me quelqu un qui n est pas expert en physique oc anographique peut le prendre en main facilement suite la d couverte du logiciel gr ce la d mo Conclusion Ce stage s est termin avec la premi re parution sur Internet de la d mo qui est aujourd hui disponible en t l chargement libre Le travail effectu fut rigoureux et pr cis car les scripts et le Userguide doivent tre sans fautes et compr hensibles par tous Il a donc fallu noter chaque petits changements ou modifications ce qui demande une grande rigueur D un point de vue informatique les progr s acquis pendant ce stage ont t notables de part une meilleur compr hension global
21. r geometry based eddy detection algorithm and its application to a high resolution numerical model product and high frequency radar surface velocities in the southern california bight J Atmos Ocean Technol 27 564 579 Penven P V Echevin J Pasapera F Colas and J Tam 2005 Average circulation seasonal cycle and mesoscale dynamics of the Peru Current System A modeling approach J Geophys Res 110 C10021 doi 10 1029 2005JC002945 Sadarjoen A and Post F H detection quantification and tracking of vortices using streamline geometry Comput Graph 24 333 341 2000 Siegel A and Weiss J B 1997 A wavelet packet census algorithm for calcu lating vortex statistics Physics of Fluids 9 1988 1999 Souza J M A C de Boyer Mont gut C and Le Traon P Y 2011 Com parison between three implementations of automatic identication algorithms for the quantication and characterization of mesoscale eddies in the south atlantic ocean Ocean Science 7 3 317 334
22. rates and loses some mass The demo takes about 1 minute depending on your rapidity on aswer to dialog boxes and on the performances of your computer 4 Getting Help If you are encountering any troubles to run programs you can find more help in the LATEXtools Users Guide It is available in the folder WATERStools 0 0 Documentation directory Problems might also come from your different version of Matlab Matlab includes an extensive online help system Use the Help menu in the Matlab menu bar to access Help 5 Contact Information For contact information visits http www com univ mrs fr doglioli Fichier parameters3d m 655 Andrea 666666060666 666666666666 13 07 07 FFF 356 EDDY TRACKING 3D PACKAGE 85 555 vs 3D 1 1 CRE 655 parameters3d 6 6 tracking3d ini SSS 6 anim tracking3d lt ad extracteur lt census wlt 56 556 tracking3d 56 556 eddysection3d 55 556 trackingvert SSS 555 CRE 6 Reference Doglioli A M Blanke B Speich S Lapeyre G 2007 Tracking coherent structures in a regional ocean model 6 with wavelet analysis application to Cape Basin Eddies J Geophys Res 112 C05043 doi 10 1029 2006JC003952 6 This file is free software it is distributed in the hope that it will be useful but without any warranty You can redistribute it and or modify it under the terms of the GNU General Public License as publ
23. s a ajouter Quand la d mo commence l utilisateur appuis sur Entr e Les vecteurs de courant de vorticit et la c te d une petite portion du Cape Basin devraient tre repr sent s Agu10 Y 3 M 6 it 1 vlevel 200 S in vort coef 1 00e 05 ad cit 30 cutoff 0 ntot 35 centerselec vort Figure 5 premi re image de la d mo vecteurs de courant de vorticit Les lignes noires repr sentent la p riph rie de chaque structure identifi e par l analyse en ondelettes Dans nitre simulation le tourbillon choisi est sous le pointeur L utilisateur choisit ensuite le tourbillon qu il souhaite suivre dans le temps et l espace en cliquant avec le bouton droit de la souris sur la carte Le clic gauche de la souris l informe sur la localisation le centre et le signe du tourbillon La bo te de dialogue cit e plus haut s ouvre alors et demande chaque tape de l analyse si l utilisateur souhaite continuer la d marche Toutes les figures MATLAB une pour chaque sp cifications et pas de temps sont enregistr es par d faut dans le r pertoire WATERtools_0 0 La d mo prend entre 3 et 4 minutes suivant la rapidit de l utilisateur r pondre a la bo te de dialogue et la performance de l ordinateur Discussion La derni re modification officielle de ce paquet a t r alis e en 2007 soit il y a 7 ans L avantage de ce paquet est que tous les utilisateurs ont acc s aux codes de chaque script Ainsi chacun peut aj
24. ssing and untaring file useful to extract the file To use this software open a Matlab session and make sur gunzip and tar xvf command is the right directory Current folder WATERStools 0 0 The software is ready to be used to be placed in 3 Tutorial tracking3d_ini m Before running the demo you have to set new path from Matlab Choose add with subfolders and select in the directory tree i ROMSTOOLS v3 1 03 02 2014 ii Wavelab850 iii in the folder M PACK select mfiles and add the subfloders roms and toolsnc When the demo starts press enter The current vorticity vectors and the coastline of a small portion of the Cape Basin should be represented You can choose the eddy to tracking by right clicking with the mouse on the map The left click informs you about the localization the center and the sign of the eddy A dialog box asks you at each step of the analysis if you want to continue the eddy s tracking If you want to stop it click No In the following MATLAB figures will save in the WATERtools 0 0 folder One figure is recorded for each interval and for each specifications MATLAB figures results show different periods in the life of the eddy When the eddy moves over the continental slope its translational velocity is weak and its shape is more or less circular The successive growth and reduction of its volume as well as a high varability of its diameter indicate that it incorpo
25. y it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation at http www gnu org copyleft gpl html 2X99 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 B 9 9 9 B B B B D 000000000000 OO O O OO O OO OO O OO OO 0000000000000 O O OO O 000000000000 O0 The WATERS Wavelet Analysis for Time tracking Eddies in Regional models 2004 2006 project has been supported by the programs LEFE IDAO and LEFE CYBER of the CNRS INSU and by the Region PACA France S http www com univ mrs fr LOPB WATERS 08 02 13 andrea doglioli univ amu fr lst official release 9 9 00 0 0 0 0 00 9 9 0 0 90 90 0 0 90 0009009000 00090 00 0009 0 09 0 90 00 9 0 9 0 2000000 99099999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 System Requirements 2 Installation 3 Help 4 Tutorial tracking3d_ini m 4 Contact Information System Requirements This toolbox has been designed for Matlab disk space It needs at least 32 Mbites of It has been tested for Matlab versions ranging from R2006a to R2007a It has been mostly used on Linux workstations but also used on Windows computers The necessary Matlab toolbox m map vs 1 4 http www eos ubc ca rich map html other free programs and dataset from LATEX project are included 2 Installation A simple uncompre
Download Pdf Manuals
Related Search