Réunion du Comité de liaison aux utilisateurs des lignes
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1. retour d exp rience Quid de PX2 Discussion Andy 16h00 Acc s a distance r cup ration des donn es distance Discussion Pierre 16h30 Formations ReNaFoBiS M Ln 16h00 Divers discussions sur les priorit s 17h00 dispersion Comit de liaison aux utilisateurs des lignes Proxima1 et Proxima2A 15 avril 2013 Compte rendu D monstration du Robot changeur d chantillon par groupes Beatriz Gumaraez et Tatiana Isabet Les deux lignes ont achet des robots passeurs d chantillon de marque IRELEC CATS utilisant des portoirs de type Unipuck Chaque puck peut accueillir 16 cristaux mont s sur tige sans leur tube Le prix des pucks tant lev pour un laboratoire environ 500 par puck soit autours de 4000 pour un quipement complet pour l instant les utilisateurs viendront SOLEIL avec leurs cristaux congel s et feront le transfert vers les pucks sur place avec l aide des local contacts L quipement pour faire le transfert sera disponible mi Mai 2018 ll en ressort que le transfert est assez difficile surtout dans l azote liquide car les pucks sont de couleur noire et difficiles voir et qu il faut s entrainer pour le faire correctement Ces pucks sont standard aux Etats Unis Diamond et Petra ligne MX de DESY Vu les difficult s de transfert il ne sera pas ais de r cup rer des cristaux test s pour les mettre dans les pucks de l ESRF La question se pose de la possibilit de la2. Strat gies pour un nouveau d tecteur sur PX2A La taille du faisceau rend souhaitable l acquisition d un d tecteur ayant des pixels plus petits et un bruit de collecte faible La gamme Eiger de Dectris semble appropri e puisqu elle fournit des d tecteurs avec des pixels de 70 pm au lieu de 172 um pour le Pilatus Le cout du d tecteur et de l infrastructure qui va avec est mis en avant est souhaitable d avoir d j un retour d exp rience de PX 2 et de monter un cas scientifique en fin Comit de liaison aux utilisateurs des lignes Proxima1 et Proxima2A 15 avril 2013 d ann e 2013 pour pr senter l int r t d un tel d tecteur pour la ligne Il sera aussi important d avoir un appui important de la communaut fran aise de cristallographie Organisation de l acc s distance Cet acc s est de deux ordres D une part les utilisateurs souhaitent transf rer leurs donn es collect es sur place par un acc s en ligne de type sftp et d autre part les utilisateurs venant de laboratoires loign s doivent pouvoir envoyer leurs cristaux et piloter l exp rience en ligne Ces deux possibilit s existent depuis longtemps ESRF sans qu il y ait eu de probl mes de s curit En revanche si l acc s aux donn es n cessite seulement des am nagements informatiques la collecte distance requiert de la main d uvre pour r ceptionner les dewars mettre en place les cristaux sur le changeur d chantillons et s assurer que
3. R union du Comit de laison aux utilisateurs des lignes Proxma 1 et Proxima 2A 16 avril 2013 Liste des participants Marco BELLINZONI Microbiologie Structurale Institut Pasteur Paris Val rie BIOU IBPC Paris Denis DURAN PX 2 Soleil Gavin FOX PX 2a Soleil Ines GALLAY IBBMC Universit Paris Sud Orsay Val rie GUILLET IPBS Toulouse Beatriz GUIMARES PX 1 Soleil Tatiana ISABET PX 1 Soleil Thomas KREY Virologie Structurale Institut Pasteur Paris Marie H l ne LE DU IBiTec S CEA Saclay Pierre LEGRAND PX 1 Soleil Alastair Mc Ewan IGBMC lllkirch Solange MORERA LEBS Gif sur Yvette Virginie ROPARS Equipe Mobilit Structurale Institut Curie Paris Martin SAVKO PX 2 Soleil William SHEPPARD PX 2 Soleil Gerlind SULZENBACHER AFMB Marseille Andrew THOMPSON PX 1 Soleil Fran ois VALLEE Sanofi Research and Development Vitry sur Seine Jean Pierre SAMAMA Directeur Scientifique Soleil 10 00 10 30 et 13 30 14 15 Ordre du jour 10h00 accueil des participants dans la salle de contr le de PX2 avec d monstration Robots par groupes de 5 11h00 Ouverture de PX2 mode d emploi maintenant qu on a 2 lignes change d chantillons entre les 2 lignes partage des fichiers organisation Bill 12h00 repas la cantine 13h00 discussion g n rale 13h30 discussion avec Jean Pierre Samama 14h40 Criblage ou collecte en plaques comment proc der Discussion Gavin 15h45 PILATUS
4. astique et la g om trie des plaques doivent tre adapt s pour minimiser l absorption des rayons X et largir l angle d ouverture pour permettre une collecte plus large Pour le moment 2 types de plaques sont prometteuses crystalquickX de Greiner 8 plaque chez JenaBioscience et InSitu1 de Mitegen version beta 9 7 plaque chez Mitegen USA Les deux types de plaques coutent plus cher que les plaques classiques mais il est possible que les prix baissent si la demande augmente Les plaques Mitegen sont plus performantes moins de bruit X et supportent assez bien le transport contrairement aux plaques Greiner Les d veloppements de recherche syst matique de cristal ou reconnaissance de forme seront utiles pour le criblage in situ Apr s une p riode de mise au point partir de l t 2018 le syst me devrait tre op rationnel fin 2014 Cot cristallog n se un robot plugmaker est install sur PX2A Il permet d tablir des gradients lin aires de compos s avec de tr s petits volumes de prot ine Pour l instant il est en cours de tests et de mise au point avec l aide du fabricant Comit de liaison aux utilisateurs des lignes Proxima1 et Proxima2A 15 avril 2013 Acc s aux donn es et collecte distance Pierre Legrand Syst me actuel Le service informatique de SOLEIL a mis en place un syst me de stockage des donn es appel la ruche qui permet aussi l acc s distance par le Soleil data retrieval inter
5. face Plusieurs lignes dont Swing et Disco les utilisent mais ces lignes g n rent des volumes de donn es beaucoup plus faibles que les images de diffraction et la disponibilit n est pas imm diate temps d attente de quelques minutes De plus ces r pertoires sont en lecture seule et ne permettent pas la g n ration de fichiers temporaires n cessaires au traitement des donn s Ceci rend le traitement des donn es de diffraction probl matique avec ce syst me Ainsi PX1 transf re les donn es p riodiquement mais pas instantan ment Ce manque emp che de faire des collectes distance actuellement Mise en place d un v ritable acc s distance Pour cette raison il est souhaitable d une part d avoir un acc s distance rapide facile et s curis aux donn es avec la possibilit de mise jour en continu commande rsync Cette demande a t faite au cours de la r union du Computing advisory committee en mars 2013 qui la consid re comme prioritaire pour le groupe informatique Collecte distance Celle ci permettrait de rationaliser le nombre d exp rimentateurs se d pla ant au synchrotron Elle n cessite l ouverture d un port de communication r seau et l installation d un programme d mulation de type nx et d un gestionnaire de base de donn es de type ispyb Un test simple de l acc s NX sera mis en place avant la fin 2013 Fran ois Vall e t moigne qu Aventis utilise les acc s dis
6. isser temporairement des cristaux dans des pucks SOLEIL en pr vision d un temps de faisceau ult rieur Pour l instant ceci n est pas envisageable en raison des probl mes de s curit et de co t de stockage Pr sentation de PX2A Bill Shepard La ligne est maintenant presque totalement install e et fonctionnelle l exception d un miroir convexe qui permettra de pousser la focalisation horizontale du faisceau Le faisceau est actuellement de 10 um x 5 um avec les miroirs Kirkpatrick Baez De bonnes donn es ont d j t collect es en SAD et en MAD En particulier la stabilit du faisceau est tout fait compatible avec la micro focalisation Le mode de fonctionnement actuel est de 1 jour utilisateurs par semaine qui s tendra progressivement l ouverture totale fin 2018 A terme la ligne sera utilisable en trois modes non focalis faisceau de 2 mm x 1 mm Focalis sans miroir convexe faisceau de 15 um x 5 um Focalis avec miroir convexe faisceau de 5 um x 5 um Du c t contr le et informatique les s quences pour le suivi et l alignement sont mises en place L quipe de PX2 est au complet Denis DURAN Gavin FOX Martin SAVKO et William SHEPARD La possibilit de passer des cristaux entre PX 1 PX2 A en fin de run dans les cas ou cela para t n cessaire est voqu e Par contre la fa on de mettre a en place ne para t pas simple et reste d finir Discussion avec Jean Pierre Samama
7. l exp rience se passe bien Cette nouvelle organisation permettra d optimiser le temps de travail des chercheurs et de rationaliser la gestion des chantillons selon les directives de l ANSM autorit nationale de la sant et du m dicament Soleil fonctionne sur un nombre de postes contraints pas plus de 359 postes Un red ploiement de postes permettrait ventuellement de d gager une personne Les industriels utilisent d j beaucoup l acc s distance ESRF et pourraient appuyer la demande JP Samama insiste sur le fait qu il est essentiel que notre communaut s organise pour faire des demandes d une seule voix comme savent le faire les physiciens Allonger les dur es des BAGs deux ans au lieu d un an actuellement JP Samama argumente que la dur e des BAGs est importante pour pr server une valuation scientifique quitable Il est d accord sur le fait que le rapport d exp rience interm diaire 6 mois pourrait tre all g Diffraction in situ Gavin Fox Gavin a pr sent les d veloppements qu il met en place concernant les mesures directes sur plaques de cristallisation Ces mesures peuvent servir cribler syst matiquement des plaques pour rechercher de la diffraction d une part et collecter des donn es sur des cristaux individuels sans les monter et sans les congeler d autre part Les deux robots de PX1 et PX2 ont des pinces et vont bient t avoir un h tel pour stocker des plaques tester Le pl
8. mis de collecter d excellentes donn es et a co ncid avec une augmentation significative du nombre de d p t de structures dans la PDB C est donc un excellent investissement Il permet aussi des collectes moins conventionnelles comme des mesures r solues en nergie ou la s paration de taches tr s proches Andy insiste que PX2A b n ficiera beaucoup d un d tecteur pixels afin de tirer profit de l absence de bruit qu il faut des pixels plus petits pour s adapter la taille du faisceau mais qu une taille plus r duite peut tre suffisante souhaiterait trouver des fonds rapidement car un d lai de 18 mois est n cessaire pour le processus d approvisionnement et la mise en place R seau Nationale de Formation la Biologe Structurale Int grative Marie Helene Le Du L objectif du r seau est de mettre en commun des expertises nationales pour coordonner et valoriser des actions d enseignement et de formation dans le domaine de la biologie structurale int grative au niveau doctoral et de redonner une visibilit nos formations pour augmenter leur attractivit aupr s des tudiants Donner une formation solide dans une discipline sp cifique et forger une culture commune en BSI Dans un premier temps le R NaFoBiS s appuie sur des formations existantes qui ont vont accepter d afficher un partenariat labellisation avec R NaFoBiS et s adresse plut t des doctorants Trois formations vont tre soutenues cette ann e et tr
9. ois autres sont pr vues l ann e prochaine dont une Soleil Conclusions Quelques priorit s ont t mises en avant Mise en place de l acc s distance Cartographie des boucles et merging des donn es sur PX 2 Evaluation de l implication possible de FRISBI pour soutenir les d marches de la communaut d utilisateurs D autres aspects ont t d plac s Cas scientifique pour un d tecteur pixellis pour PX 2 fin d ann e 2013 Criblage sur plaques n cessite des utilisateurs Comit de liaison aux utilisateurs des lignes Proxima1 et Proxima2A 15 avril 2013
10. tance de l ESRF la plupart du temps avec succ s lls communiquent avec les local contacts par la case chat de l interface MXcube Synth se Les personnes pr sentes au comit de ligne attestent d une forte demande de ces deux types d acc s distance et remarquent que ces demandes ont d j t formul es maintes fois auparavant Juin 2006 et Juin 2010 PX 1 accueille environ 600 visiteurs par an contre 80 100 sur les autres lignes La possibilit de collecter les donn es distance est donc essentielle sur cette ligne Les utilisateurs du comit de liaison font part du souhait de pouvoir traiter les donn es partir de leur laboratoire sur les ordinateurs de la ligne pour b n ficier des mises jour des programmes comme c est le cas l ESRF Pierre r pond que ce serait possible si les machines de la ligne taient accessibles mais il faudrait laisser la priorit aux collectes en cours Il indique aussi qu un traitement automatique des donn es sera bient t mis en place permettant une valuation rapide de la qualit des donn es Autre demande des utilisateurs le site web de SOLEIL devrait apporter plus de clart concernant les rapports d exp rience pas les end of run reports fr quence et dates limites de d p t contenu Comit de liaison aux utilisateurs des lignes Proxima1 et Proxima2A 15 avril 2013 Retour de l utilisation du d tecteur Pilatus 6M sur PX1 Andy Thompson Le d tecteur a per
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